基因测序在印度发现HIV变异株基因组

【山东同志会所】基因测序在印度发现HIV变异株的基因组

　　人类免疫缺陷病毒(HIV)由于其复杂性而继续吸引科学家关注。来自印度、英国和西班牙的科学家小组已经从南印度裔艾滋病患者身上分离出一种被称为HIV进化分支C亚型的接近全部HIV的基因组。

　　由于艾滋病毒呈现出巨大的遗传多样性，病毒经常发生基因组变化，每种新变异的治疗反应都不相同。因此，检查整个病毒基因组可以为理解感染动态和追踪不同毒株的进化历史提供新的线索。为此，研究人员调整了现有的分离和测序病毒基因组的方法。

　　研究人员首先从20名患者的血液中分离出病毒。但是，与先前扩增病毒RNA的四个重叠片段的方法不同，科学家们选择了六个重叠的RNA片段进行测序。这个调整是为了确保HIV分支C数据采集的良好性。它还有助于提高突出病毒基因env和gag的效率和覆盖率。一旦准备好这些片段的多个拷贝，用Illumina测序仪解码刻在不同RNA切片中的遗传密码。接下来，通过参考病毒基因组数据库中记录的现有HIV进化分支C基因组，以正确的顺序排列片段。

　　通过这种方式，科学家们可以生成九个接近全长的病毒基因组序列。在其余的样品中，在突出的病毒基因如gag和env中获得了良好的序列恢复。系统发育分析显示18例病毒属于艾滋病病毒C亚型；一个属于AIC型，另一个类似于B型。这表明A和B型的小分支在人群中也是普遍的，这必定引起了重组AIC形式。

　　印度维尔康姆信托基金(印度)的印度病毒学家兼首席执行官Shahid Jameel博士说：“HIV-1基因组进入分支的分类是基于几个因素，一个重要的因素是病毒的地理来源。在印度和南非，C亚型类特别猖獗。”

　　“自20世纪90年代初以来，印度占优势的是C型HIV-1病毒。本研究采用新一代测序法获得近全长序列，以得出相同的结果。从这个意义上讲，新鲜事物并不多见。”Jameel博士补充说。

　　研究人员还追溯变种的进化起源。他们比较了分离的基因组序列与基因组数据库记录的相似之处。印度进化分支C亚型被发现与非洲谱系密切相关，而重组形式被认为是自发发生的。

　　这些发现可能对疾病控制有影响。这项研究得出结论：“虽然扩增技术的进一步改进可以更准确地描述特定地理区域的分子流行病学趋势和方向。”

　　这项研究最近发表在《PLoS One》杂志上。

　　(来源：有一点进展)